海关在保税物流中心设立机构，派员入区，实行“5+2”工作制和一站式服务，全天候保障业务办理需要。
进出保税物流中心货物的备案、报关、查验、放行、核销等手续统一在中心内办理。
海关实行24小时监管和预约通关、
海关对保税物流中心内企业实行电子帐侧管理和信息化联网管理。
海关对保税物流中心与境外之间进出的货物实行备案制，对于境内中心外之间的货物实行报关制。
中心具备口岸功能，海关对中心与境外之间的货物进出，按照转关运输等方式进行监管。
对中心与境外之间进出的货物，除实行出口被动配额管理和国家另有规定的以外，不实行进出口配额、许可证管理。
海关对境外进入中心内的货物，除法律、法规另有规定外，予以保税。
除法律、法规另有规定外，中心内货物销往境外的，不征收出口关税。
货物出中心进入境内中心以外的，视同进口。
海关按照出中心的实际贸易方式和货物状态办理进口手续。
货物从境内中心外进入中心视同出口。
货物进出中心，包括中心与境外之间、中心与境内中心外之间，可根据需要分批进出、集中报关。货主可一次或多次提货，税款可视情况分次或一次缴纳。
进入中心的货物，可以按海关规定进行退还或办理退运。
中心内货物可在中心内企业之间，以及其他海关监管的特定区域和海关监管场所之间进行交易和流转。
